Ústav od založení prochází kontinuální modernizací a řadou inovací (elektronová mikroskopie, histochemie, imunohistochemie, molekulární patologie, moderní dokumentační a výzkumné analytické postupy). V rámci Histochemické společnosti ČSAV byla ústavem zřízena Odbočka cyto-histochemické společnosti, a v rámci Biologické společnosti Sekce experimentální medicíny (prof. Rostislav Koďousek). Ústav stál u kolébky řady významných akcí. V roce 1973 se z iniciativy Doc. Čestmíra Dvořáčka a Dr. Jaroslava Duška začaly poprvé v ČR konat pravidelné meziregionální bioptické semináře. Prof. Jaroslav Dušek se později stal průkopníkem netradičních forem výuky patologie, jako byly klinicko-patologické semináře a "problem based learning". V roce 1995 založil prof. Zdeněk Kolář první Laboratoř molekulární patologie v České republice a v roce 2005 zahájil tradici mezinárodní konference Dny molekulární patologie. Mezinárodně uznávanými objevnými vědeckými pracemi a didakticko-pedagogickými výsledky se Ústav patologie LF UP zařadil mezi prosperující ústavy patologie ČR se zahraničním ohlasem.
